Gradient concentration strip–specific epidemiological cut-off values of antifungal drugs in various yeast species and five prevalent Aspergillus species complexes
Victor Mercier
(1, 2)
,
Valérie Letscher-Bru
(3)
,
Marie-Elisabeth Bougnoux
(4, 5)
,
Laurence Delhaes
(6, 7)
,
Françoise Botterel
(8)
,
Danièle Maubon
(9)
,
Frédéric Dalle
(10, 11)
,
Alexandre Alanio
(12, 13, 14)
,
Sandrine Houzé
(15, 16)
,
Eric Dannaoui
(17, 16, 8)
,
Carole Cassagne
(18, 19)
,
Sophie Cassaing
(20)
,
Marie-Fleur Durieux
(21)
,
Arnaud Fekkar
(22, 23)
,
Jean-Philippe Bouchara
(24, 25, 26)
,
Jean-Pierre Gangneux
(27, 28, 29)
,
Julie Bonhomme
(30, 31)
,
Damien Dupont
(32)
,
Damien Costa
(33, 34, 35)
,
Boualem Sendid
(36, 37)
,
Taieb Chouaki
(38)
,
Nathalie Bourgeois
(39, 1)
,
Antoine Huguenin
(40)
,
Sophie Brun
(41)
,
Caroline Mahinc
(42)
,
Lilia Hasseine
(43)
,
Solène Le Gal
(24, 25, 44)
,
Anne‐Pauline Bellanger
(45, 46)
,
Eric Bailly
(47)
,
Florent Morio
(48, 49)
,
Céline Nourrisson
(50, 51)
,
Nicole Desbois-Nogard
(52)
,
Estelle Perraud
(53, 54)
,
Anne Debourgogne
(55, 56)
,
Hélène Yera
(57, 58)
,
Laurence Lachaud
(1, 39)
,
Milène Sasso
(1, 2)
1
MIVEGEC -
Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
2 CHU Nîmes - Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
3 DIHP - Dynamique des interactions hôte pathogène
4 Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP]
5 BPF - Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity
6 CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux]
7 CRCTB - Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux [Bordeaux]
8 DYNAMIC - Dynamic Microbiology - EA 7380
9 IAB - Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble)
10 Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon)
11 PAM - Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon]
12 AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
13 Mycologie moléculaire - Molecular Mycology
14 CNRMA - Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals
15 AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
16 UPCité - Université Paris Cité
17 Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP]
18 VITROME - Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes
19 IHU Marseille - Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection
20 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
21 CHU Limoges
22 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
23 CIMI - Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses
24 IRF - Infections Respiratoires Fongiques
25 ICAT - SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques
26 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Angers]
27 Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail
28 EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP]
29 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
30 CHU Caen
31 ABTE - Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements
32 HCL - Hospices Civils de Lyon
33 UNIROUEN - Université de Rouen Normandie
34 Département de Microbiologie [CHU Rouen]
35 UNIROUEN UFR Santé - UNIROUEN - UFR Santé
36 UGSF - Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576
37 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
38 CHU Amiens-Picardie
39 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
40 ESCAPE - Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle
41 Hôpital Avicenne [AP-HP]
42 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
43 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
44 Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest]
45 Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
46 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
47 CHU Trousseau [Tours]
48 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
49 IICiMed - Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité - UR 1155
50 M2iSH - Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte
51 3IHP - Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes [CHU Clermont-Ferrand]
52 CHU de Martinique - Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique]
53 CHU de Poitiers [La Milétrie] - Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital
54 EBI [Poitiers] - Écologie et biologie des interactions
55 SIMPA - Stress, Immunité, Pathogènes
56 CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
57 Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin]
58 IC UM3 (UMR 8104 / U1016) - Institut Cochin
2 CHU Nîmes - Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
3 DIHP - Dynamique des interactions hôte pathogène
4 Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP]
5 BPF - Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity
6 CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux]
7 CRCTB - Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux [Bordeaux]
8 DYNAMIC - Dynamic Microbiology - EA 7380
9 IAB - Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble)
10 Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon)
11 PAM - Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon]
12 AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
13 Mycologie moléculaire - Molecular Mycology
14 CNRMA - Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals
15 AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
16 UPCité - Université Paris Cité
17 Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP]
18 VITROME - Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes
19 IHU Marseille - Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection
20 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
21 CHU Limoges
22 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
23 CIMI - Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses
24 IRF - Infections Respiratoires Fongiques
25 ICAT - SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques
26 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Angers]
27 Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail
28 EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP]
29 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
30 CHU Caen
31 ABTE - Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements
32 HCL - Hospices Civils de Lyon
33 UNIROUEN - Université de Rouen Normandie
34 Département de Microbiologie [CHU Rouen]
35 UNIROUEN UFR Santé - UNIROUEN - UFR Santé
36 UGSF - Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576
37 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
38 CHU Amiens-Picardie
39 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
40 ESCAPE - Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle
41 Hôpital Avicenne [AP-HP]
42 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
43 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
44 Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest]
45 Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
46 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
47 CHU Trousseau [Tours]
48 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital
49 IICiMed - Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité - UR 1155
50 M2iSH - Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte
51 3IHP - Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes [CHU Clermont-Ferrand]
52 CHU de Martinique - Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique]
53 CHU de Poitiers [La Milétrie] - Centre hospitalier universitaire de Poitiers = Poitiers University Hospital
54 EBI [Poitiers] - Écologie et biologie des interactions
55 SIMPA - Stress, Immunité, Pathogènes
56 CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
57 Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin]
58 IC UM3 (UMR 8104 / U1016) - Institut Cochin
Victor Mercier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 742080
- IdHAL : victor-mercier
Marie-Elisabeth Bougnoux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758331
- ORCID : 0000-0003-4721-2740
Laurence Delhaes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1094801
Françoise Botterel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758330
- ORCID : 0000-0002-3028-2665
- IdRef : 059632526
Danièle Maubon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760116
- ORCID : 0000-0002-9080-7638
- IdRef : 103776761
Frédéric Dalle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1040901
Alexandre Alanio
- Fonction : Auteur
- PersonId : 9826
- IdHAL : aalanio
- ORCID : 0000-0001-9726-3082
- IdRef : 177410132
Sandrine Houzé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 948492
- ORCID : 0000-0001-9016-3847
- IdRef : 113600526
Eric Dannaoui
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756898
- IdHAL : eric-dannaoui
- ORCID : 0000-0002-2817-3830
- IdRef : 233666184
Carole Cassagne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1213220
- ORCID : 0000-0001-6034-6423
Sophie Cassaing
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1094798
- ORCID : 0000-0003-0055-0136
- IdRef : 063245000
Arnaud Fekkar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 921964
- ORCID : 0000-0001-9954-075X
- IdRef : 110478541
Jean-Pierre Gangneux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756001
- ORCID : 0000-0002-4974-5607
- IdRef : 074162063
Julie Bonhomme
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1197470
- ORCID : 0000-0002-6635-6232
Damien Dupont
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1118683
- ORCID : 0000-0002-6992-1073
Damien Costa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1156207
- IdHAL : damien-costa
- ORCID : 0000-0003-3418-2597
- IdRef : 187114048
Boualem Sendid
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1167983
- ORCID : 0000-0003-1577-7325
- IdRef : 073461369
Taieb Chouaki
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1412669
- ORCID : 0009-0002-3453-1232
- IdRef : 117515043
Antoine Huguenin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1087777
- IdHAL : antoine-huguenin
- ORCID : 0000-0002-1341-9965
Céline Nourrisson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220119
- IdHAL : celine-nourrisson
- ORCID : 0000-0002-4003-805X
- IdRef : 250400405
Nicole Desbois-Nogard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1033244
Estelle Perraud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 743008
- IdHAL : estelle-cateau
- ORCID : 0000-0003-4424-7606
- IdRef : 117829757
Anne Debourgogne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1209032
- ORCID : 0000-0002-1240-856X
Hélène Yera
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1028057
Laurence Lachaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1167981
- ORCID : 0000-0001-6761-8161
- IdRef : 060566663
Milène Sasso
- Fonction : Auteur
- PersonId : 741106
- IdHAL : milene-sasso
- ORCID : 0000-0002-6539-8545
- IdRef : 18410002X
Résumé
Objectives: To determine the epidemiological cut-off values (ECVs) of ten antifungal agents in a wide range of yeasts and Aspergillus spp. using gradient concentration strips.
Methods: The minimum inhibitory concentrations for amphotericin B, anidulafungin, caspofungin, micafungin, flucytosine, fluconazole, itraconazole, isavuconazole, posaconazole, and voriconazole, determined with gradient concentration strips at 35 French microbiology laboratories between 2002 and 2020, were retrospectively collected. Then, the ECVs were calculated using the iterative method and a cut-off value of 97.5%.
Results: Minimum inhibitory concentrations were available for 17 653 clinical isolates. In total, 48 ECVs (including 32 new ECVs) were determined: 29 ECVs for frequent yeast species (e.g. Candida albicans and itraconazole/flucytosine, and Candida glabrata species complex [SC] and flucytosine) and rare yeast species (e.g. Candida dubliniensis, Candida inconspicua, Saccharomyces cerevisiae, and Cryptococcus neoformans) and 19 ECVs for Aspergillusflavus SC, Aspergillusfumigatus SC, Aspergillusnidulans SC, Aspergillusniger SC, and Aspergillusterreus SC.
Conclusions: These ECVs can be added to the already available gradient concentration strip-specific ECVs to facilitate minimum inhibitory concentration interpretation and streamline the identification of nonwild type isolates.