Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR cycle amplification values - Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité Tumorales Hépatiques Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR cycle amplification values

Christian Selinger
Mircea T Sofonea
Stéphanie Haim-Boukobza
  • Fonction : Auteur
Jean-Marc Giannoli
  • Fonction : Auteur
Laetitia Ninove
  • Fonction : Auteur
Sylvie Pillet
  • Fonction : Auteur
V. Thibault
Alexis de Rougemont
  • Fonction : Auteur
Camille Tumiotto
  • Fonction : Auteur
Morgane Solis
  • Fonction : Auteur
Anne-Sophie L’honneur
  • Fonction : Auteur
Robin Stephan
  • Fonction : Auteur
Céline Bressollette-Bodin
  • Fonction : Auteur
Maud Salmona
  • Fonction : Auteur
Anne-Sophie L'Honneur
  • Fonction : Auteur
Sylvie Behillil
Caroline Lefeuvre
  • Fonction : Auteur
Julia Dina
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Sébastien Hantz
  • Fonction : Auteur
Cédric Hartard
David Veyer
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 767415
  • IdRef : 126541264
Héloïse M Delagrèverie
  • Fonction : Auteur
Slim Fourati
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Benoît Visseaux
  • Fonction : Auteur
Cécile Henquell
  • Fonction : Auteur
Bruno Lina
Vincent Foulongne
Sonia Burrel

Résumé

The SARS-CoV-2 pandemic has led to an unprecedented daily use of molecular RT-PCR tests. These tests are interpreted qualitatively for diagnosis, and the relevance of the test result intensity, i.e. the number of amplification cycles ( C t ), is debated because of strong potential biases. We analyze a national database of tests performed on more than 2 million individuals between January and November 2020. Although we find C t values to vary depending on the testing laboratory or the assay used, we detect strong significant trends with patient age, number of days after symptoms onset, or the state of the epidemic (the temporal reproduction number) at the time of the test. These results suggest that C t values can be used to improve short-term predictions for epidemic surveillance.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03175551 , version 1 (20-03-2021)
hal-03175551 , version 2 (09-12-2021)
hal-03175551 , version 3 (14-02-2022)

Identifiants

Citer

Samuel Alizon, Christian Selinger, Mircea T Sofonea, Stéphanie Haim-Boukobza, Jean-Marc Giannoli, et al.. Epidemiological and clinical insights from SARS-CoV-2 RT-PCR cycle amplification values. 2021. ⟨hal-03175551v1⟩
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