Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing - Université d'Angers
Article Dans Une Revue Mycoses Année : 2020

Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing

Marie Desnos-Ollivier (1) , Corinne Maufrais (2) , Marc Pihet (3, 4, 5) , Christine Aznar (6) , Françoise Dromer (1) , N. Brieu (7) , T. Chouaki (8) , S. Bland , V. Blanc , A.P. Bellanger (9) , F. Grenouillet (10) , L. Millon (10) , S. Brun , I. Poilane , F. Gabriel , A.L. Roux , D. Quinio , E. Moalic (11) , J. Bonhomme , P. Poirier , C. Nourrisson (12) , F. Botterel (13) , N. Fauchet , E. Forget , F. Dalle (14) , P. Cahen , C. Lawrence , O. Faure , D. Maubon (15) , M. Cornet (15) , M. Nicolas (16) , Magalie Pierre Demar (17) , C. Nabet , A. Angoulvant (18) , S. Picot (19) , N. Traversier , O. Eloy (20) , B. Sendid (21) , B. Bouteille (22) , F. Persat (23) , M. Wallon (24) , S. Ranque (25) , H. Piarroux , N. Desbois (26) , L. Collet (27) , N. Bourgeois , L. Lachaux , F. Moriot , O. Mouquet , L. Hasseine (28) , M. Gari‐toussaint , M. Sasso , D. Poisson , A. Minoza , C. Kauffman , D. Toubas (29) , J.P. Gangneux (30) , L. Favennec (31) , N. Godineau (32) , H. Rabérin (33) , V. Bru , S. Cassaing (34) , E. Bailly , E. Chachaty , C. Bonnal (35) , A. Paugam (36) , B. Heym , M.‐e. Bougnoux , E. Sitterle (13) , Alexandre Alanio (37) , D. Moissenet (38) , S. Bonacorsi (39) , P. Mariani (40)
1 Mycologie moléculaire - Molecular Mycology
2 Centre d'Informatique pour la Biologie
3 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers)
4 GEIHP - Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène
5 ICAT - SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques
6 Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie
7 Observatoires Régionaux du Pneumocoque
8 CHU Amiens-Picardie
9 Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
10 LCE - Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
11 CHRU Brest - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
12 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
13 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
14 CEA-DES (ex-DEN) - CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire)
15 TIMC-IMAG-TheREx - Thérapeutique Recombinante Expérimentale
16 Laboratoire de parasitologie [Pointe-à-Pitre]
17 EPat - Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale
18 CHU Tenon [AP-HP]
19 CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion]
20 CHV - Centre Hospitalier de Versailles André Mignot
21 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
22 CHU Limoges
23 HCL - Hospices Civils de Lyon
24 Institut de parasitologie et mycologie médicale
25 VITROME - Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes
26 Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique]
27 HSM - Hydrosciences Montpellier
28 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
29 MEDyC - Matrice Extracellulaire et Dynamique Cellulaire - UMR CNRS 7369
30 Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes]
31 ESCAPE - Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle
32 Hôpital Delafontaine
33 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
34 Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse]
35 Hôpital universitaire Bichat
36 Hôpital Cochin [AP-HP]
37 AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
38 CHU Trousseau [APHP]
39 AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
40 Institut Curie [Paris]
Marie Desnos-Ollivier
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Mycologie moléculaire - Molecular Mycology
Corinne Maufrais
Centre d'Informatique pour la Biologie
Marc Pihet
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 920212
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers)
Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène
SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques
Christine Aznar
  • Fonction : Auteur
Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie
Françoise Dromer
Mycologie moléculaire - Molecular Mycology
N. Brieu
  • Fonction : Auteur
Observatoires Régionaux du Pneumocoque
T. Chouaki
CHU Amiens-Picardie
S. Bland
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V. Blanc
  • Fonction : Auteur
A.P. Bellanger
Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon]
F. Grenouillet
  • Fonction : Auteur
Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
L. Millon
Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249)
CV
S. Brun
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F. Gabriel
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A.L. Roux
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D. Quinio
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Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
J. Bonhomme
P. Poirier
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C. Nourrisson
Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
CV
F. Botterel
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
N. Fauchet
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E. Forget
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F. Dalle
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CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire)
P. Cahen
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C. Lawrence
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O. Faure
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D. Maubon
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Thérapeutique Recombinante Expérimentale
M. Cornet
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Thérapeutique Recombinante Expérimentale
M. Nicolas
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Laboratoire de parasitologie [Pointe-à-Pitre]
Magalie Pierre Demar
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Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale
C. Nabet
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A. Angoulvant
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CHU Tenon [AP-HP]
S. Picot
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CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion]
N. Traversier
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O. Eloy
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Centre Hospitalier de Versailles André Mignot
B. Sendid
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Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
B. Bouteille
CHU Limoges
F. Persat
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Hospices Civils de Lyon
M. Wallon
Institut de parasitologie et mycologie médicale
S. Ranque
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Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes
H. Piarroux
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Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique]
L. Collet
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Hydrosciences Montpellier
N. Bourgeois
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L. Lachaux
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O. Mouquet
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L. Hasseine
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Centre Hospitalier Universitaire de Nice
M. Gari‐toussaint
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M. Sasso
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  • PersonId : 856494
D. Poisson
  • Fonction : Auteur
A. Minoza
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C. Kauffman
  • Fonction : Auteur
D. Toubas
  • Fonction : Auteur
Matrice Extracellulaire et Dynamique Cellulaire - UMR CNRS 7369
J.P. Gangneux
  • Fonction : Auteur
Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes]
L. Favennec
  • Fonction : Auteur
Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle
N. Godineau
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 948522
Hôpital Delafontaine
H. Rabérin
  • Fonction : Auteur
Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
V. Bru
  • Fonction : Auteur
S. Cassaing
  • Fonction : Auteur
Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse]
E. Bailly
  • Fonction : Auteur
E. Chachaty
  • Fonction : Auteur
C. Bonnal
  • Fonction : Auteur
Hôpital universitaire Bichat
A. Paugam
  • Fonction : Auteur
Hôpital Cochin [AP-HP]
B. Heym
  • Fonction : Auteur
M.‐e. Bougnoux
  • Fonction : Auteur
E. Sitterle
  • Fonction : Auteur
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
Alexandre Alanio
Hopital Saint-Louis [AP-HP]
D. Moissenet
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 964978
CHU Trousseau [APHP]
S. Bonacorsi
Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
P. Mariani
  • Fonction : Auteur
Institut Curie [Paris]

Résumé

Background Trichosporonosis is a rare invasive infection in humans mainly due to Trichosporon asahii, and especially recovered from patients having haematological malignancy. Since 2012, IGS1 region sequencing is used as a genotyping method to distinguish isolates, with high frequency of one haplotype worldwide and a geographic specificity for some haplotypes. Objectives We compared the IGS1 genotyping method and whole genome sequencing (WGS) to study the relationship between clinical isolates involved in two grouped cases in France. Methods IGS1 sequencing and antifungal susceptibility testing were performed for 54 clinical isolates. Clinical data for 28 isolates included in surveillance programs were analysed. Whole genome was sequenced for 32 clinical isolates and the type strain. Results All isolates were intrinsically resistant to flucytosine, while voriconazole had the most potent in vitro activity. The majority of the isolates was recovered from patients with haematological malignancies (42.86%), with a high proportion of children (<15 yrs-old, 32.14%) and a high mortality rate at three months (46.15%). Based on the WGS analysis, isolates exhibiting IGS1 haplotype 1, 3 and 7 belonged to different clades. Five isolates recovered during the first grouped cases had the same IGS1 haplotype and shared 99% of SNPs similarity. For the second grouped cases, four isolates had 98.7% of SNPs similarity while the isolate recovered 4 years earlier was totally unlinked. Conclusions We confirmed the usefulness of IGS1 sequencing for grouped cases infection of T. asahii. We underlined its limitation for the study of population structure and the utility of WGS analysis for the study of epidemiologically unrelated isolates.

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Soumis le : vendredi 3 novembre 2023-13:43:27

Dernière modification le : mercredi 30 octobre 2024-19:41:10

Archivage à long terme le : dimanche 4 février 2024-19:00:20

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Citer

Marie Desnos-Ollivier, Corinne Maufrais, Marc Pihet, Christine Aznar, Françoise Dromer, et al.. Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing. Mycoses, 2020, ⟨10.1111/myc.13126⟩. ⟨hal-02862513⟩

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