Apport du séquençage haut débit et de la caractérisation fonctionnelle de variants somatiques pour l’accessibilité aux thérapies ciblées en oncologie - Thèses & HDR à l'Université d'Angers Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2022

Contribution of new generation sequencing and functional characterization of somatic variants for the accessibility of targeted therapies in oncology

Apport du séquençage haut débit et de la caractérisation fonctionnelle de variants somatiques pour l’accessibilité aux thérapies ciblées en oncologie

Résumé

The recent paradigm shift related to the development of personalized medicine in oncology requires an evolution of practices involving cancer molecular genetic laboratories. The first part of this work is based on the technological challenges of EGFR gene mutation detection to enable optimized management of patients eligible for targeted therapies in non small cell lung cancer at diagnosis and recurrence. New generation sequencing was the best alternative to identify EGFR sensitivity and acquired resistance mutations. The second part of this work concerns the biological interpretation of genetic alterations in the tumor, in particular variants in the tumor suppressor genes BRCA1 and BRCA2conditioning the sensitivity to PARP inhibitor targeted therapies. Two approaches for functional characterization of variants of uncertain significance (VUS) were used, both of which can be achieved in a time frame compatible with clinical imperatives. The first one consists in characterizing splicing defects from patient tumor RNA by RT-PCR and rapid cloning of RT-PCR products. The second is a rapid in vitro evaluation of VUS by genome editing using CRISPR-Cas9 technology and a functional score.
Le récent changement de paradigme lié au développement de la médecine personnalisée en oncologie nécessite une évolution des pratiques impliquant les laboratoires de génétique moléculaire des cancers. Le premier volet de ce travail repose sur les enjeux technologiques de la détection des mutations du gène EGFR pour permettre une prise en charge optimisée des patients éligibles aux thérapies ciblées dans les cancers bronchiques non à petites cellules au diagnostic et lors des récidives. Le séquençage haut débit s’est ici présenté comme la meilleure alternative pour identifier les mutations de sensibilité et de résistance acquise de l’EGFR. Le deuxième volet de cette thèse concerne l’interprétation biologique des altérations génétiques de la tumeur, en particulier les variants des gènes suppresseurs de tumeur BRCA1 et BRCA2 conditionnant la sensibilité aux thérapies ciblées par inhibiteurs de PARP. Deux approches de caractérisation fonctionnelle de variants de signification incertaine (VSI) ont été utilisées, toutes deux réalisables dans un temps compatible avec les impératifs cliniques. La première consiste à caractériser des défauts d’épissage à partir d’ARN tumoral du patient par RT-PCR et clonage rapide des produits de RT-PCR. La deuxième est une évaluation rapide in vitro des VSI par édition du génome en utilisant la technologie CRISPR-Cas9 et un score fonctionnel.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03907954 , version 1 (20-12-2022)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03907954 , version 1

Citer

Louise-Marie Chiron Chevalier. Apport du séquençage haut débit et de la caractérisation fonctionnelle de variants somatiques pour l’accessibilité aux thérapies ciblées en oncologie. Médecine humaine et pathologie. Université d'Angers, 2022. Français. ⟨NNT : 2022ANGE0017⟩. ⟨tel-03907954⟩
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