Cet article analyse la construction, au sein du laboratoire EDYTEM et en collaboration avec le Laboratoire d'Écologie alpine, d'un programme de recherche interdisciplinaire et transdisciplinaire visant à étudier la cohabitation entre pratiques récréatives et faune sauvage de montagne. Cette mise en place a été facilitée par un contexte institutionnel favorable. Il a permis de développer à la fois une interdisciplinarité de proximité entre SHS et une interdisciplinarité globale facilitant l'acculturation des membres aux autres disciplines. Le partenariat a aussi été effectif entre chercheurs et gestionnaires d'espaces protégés. Cependant, la mise en oeuvre d'une recherche inter et transdisciplinaire n'est pas sans difficultés et les chercheurs ont dû faire face à des contraintes qui sont explicitées.